Joensuun yliopiston kasvitieteellinen puutarha perustettiin vuonna 1955. Se muutti nykyiselle paikalle vuonna 1985.

Silloin viiden kasvihuoneen yhteenlaskettu pinta-ala oli 570 neliometriä ja eri kasvilajeja noin 1000.

Tilat mukailivat tropiikin ja aavikon olosuhteita. Lähes kaikki kasvit kasvatettiin siemenistä, joita saatiin muista kasvitieteellisistä puutarhoista, tutkimuskeskuksista ja siemenpankeista. Kasvi- ja siemenvaihtoa tehtiin noin 900 eri puutarhan kanssa 113 eri maassa.

Tarkoituksena oli ylläpitää puutarhaa biologian ja metsätieteen tutkimustyötä ja koulutusta varten. Tämän ohella paikka tarjosi hienoja kokemuksia ja tietoa kasveista myös tavallisille ihmisille ikään katsomatta.

Yliopisto päätti luopua Botaniasta vuonna 2012, jonka jälkeen paikan ylläpidosta ja kasvien hoidosta jäi vastaamaan Botanian ystävät ry vapaaehtoisten voimin. Kiinteistön korjauksia ei oltu toteutettu ja yhdistyksellä ei ollut mahdollisuutta investoida puutarhan infrastruktuuriin. Botaniaa uhkasi toiminnan lakkauttaminen ja välitön kasvien alasajo, joka alkaisi 2018 vuoden alussa.

Botania ystävät ry otti yhteyttä Joensuulaiseen valotaiteilija Kari Kolaan vuonna 2016, koska yhdistyksen resurssit olivat rajalliset ja investointeja kiinteistöön olisi tehtävä, jotta paikka pysyisi pystyssä.

Kola oli osaltaan vaikuttamassa merkittävästi myös Botanian säilymiseen myös 2012 kun yliopisto päätti luopua toiminnasta. Ainoaksi keinoksi pelastaa tämä uniikki paikka muodostui puutarhan ostaminen ja vastuiden ottaminen kokonaisuudesta.

Kola osti yhtiökumppaneiden Teemu Purmosen ja Markku Pesosen kanssa Botanian Suomen Yliopistokiinteistöiltä alkuvuonna 2018. Kola osti myöhemmin 2018-vuonna koko osuuden yhtiöstä ja on nykyään yhtiön ainoa omistaja.

Projektin alku on ollut hyvin haastava, koska alue oli päässyt huonoon kuntoon resurssipulan takia. Voimakkailla toimenpiteillä aluetta on kunnostettu ja raivattu viimeiset vuodet koko Botanian tiimin voimin. Botanian ystävät ry auttaa edelleen toimintaa mm. vuotuisten kevät-talkoiden avulla joissa alueen ihmiset jotka näkevät paikan arvon voivat tulla auttamaan kunnostustöissä.